ماموریت اصلی مرکز در جهت شناخت مکانیسم های بروز بیماری های غیرواگیر، بررسی وضعیت موجود عوامل خطرزای این بیماری ها در کودکان و نوجوانان و ارائه راهکارهای مناسب برای پیشگیری از بروز این بیماری ها از اوان زندگی است. مرکز تحقیقات رشد کودکان به عنوان یکی از مراکز تحقیقاتی برتر در حوزه سلامت کشور مأموریت های ذیل را بر عهده دارد:

تعیین الویت های تحقیقاتی مبتنی بر نیازهای جامعه،

 به کارگیری نیروی انسانی مناسب و جذب پژوهشگران،

توانمندسازی محققین جوان در زمینه های تولید علم و فناوری،

 برگزاری کارگاه، سمینار و کنگره به طور دوره‌ای در سطح دانشگاهی، ملی و بین المللی،

آگاهی رسانی به جامعه از طریق ارائه آموزش های حضوری در سطح مدارس و جامعه و برنامه های آموزشی دوره ای از طریق رسانه های گروهی.